Domaines d’application
Bachelor Universitaire de Technologie - Science des Données
Semestre 5
Qui suis-je ?
Jean-François Rey
—
Ingénieur d’études Informatique #DevOps
Chef de projet
Ingénierie logicielle
Expertise en infrastructure
@INRAE (Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement) https://inrae.fr
@BioSP (Biostatistique et processus SPatiaux) https://biosp.org - Avignon
CONTACT
jean-francois.rey@inrae.fr avec l’objet [BUT3]
Domaines d’application
R en production
Utilisation de R tous les jours -> bonnes pratiques -> se rendre la vie facile -> collaborer et partager 
- CM : 4.5h
- TD : 4.5h
- TP : 7.5h
En parallèle avec Mme Gabriel Edith.
Présence obligatoire
Gestionnaire de version
Un gestionnaire de version est un système qui enregistre l’évolution d’un ensemble de fichiers au cours du temps de manière à pouvoir rappeler une version antérieur d’un fichier à tout moment.
Il permet de traquer le contenu des fichiers de votre projet. Les modifications et leurs historiques sont versionnés.
On parle de VCS Version Control System ou de SCM Source Control Management
Note
Fichiers : codes sources, documents, etc.
Trois types de VCS : locaux, centralisés et distribués.
Corollaire : Évolution, accès diff. modifications, Contrôle, Différences, Fusions, Partages des modifications…
GIT
Outil décentralisé de gestion de version (libre et opensource)
2005 - Linus Torvalds
Note
Stocke/Traque un ensemble de fichier en conservant la chronologie des modifications apportées.
Avertissement
GIT est un outil indispensable dès qu’on produit du code.
Git : concept
Git surveille et fige des versions d’un répertoire. (Qui, Quand, Comment)
Note
Dépôt/Remote : répertoire versionné
Serveur central (URL) == origin
Branche par défaut == main
git init #création d'un dépôt
git clone <URL> <repertoire_local> # récupérer un dépôt git
git status # états des fichiers
git commit # versionnement
git pull origin main # mettre à jour localement
git push origin main # mettre à jour l'originNote
Site officiel : https://git-scm.com
Commandes/concepts à connaitre : https://git-scm.com/docs/giteveryday
Git : les posibilités
Naviguer dans les branches, versions et tags (checkout)
Revenir en arrière (revert)
Créer des branches (branch)
Merger le travail de plusieurs contributeurs (merge | rebase)
Documentation : https://git-scm.com/doc
Git initialisation
Pour créer un dépôt Git (init ou clone)
Git versionnement (commit)
Pour créer une version de votre travail (commit)
Ne pas oublier le message de commit
A chaque commit Git va vous demander d’ajouter un message. Ce message est lisible par un humain et est là pour noter ce que vous avez effectué comme modification.
git commit -a -m "cette version est un exemple de commit"
Add pour traquer un fichier
Git traque uniquement les fichiers qu’on lui demande. Pour cela il faut faire un add.
git add <mon_fichier>
Git identifiant unique des commits
Un hash (SHA) unique généré à chaque commit. (25ac95e84f…)
Utilisation d’un Tag sur le hash d’un commit. (mon tag)
Git décentralisé
Git permet de se synchroniser avec des dépôts distants (remotes repositories).
Git Merge vs Rebase
Cela intervient à la fusion de branche ou lors de la mise à jour de notre version local avec un dépôt distant.
2 branches 
Merge 
Rebase 
Git vs Rstudio
Note
Rstudio vs Positron vs vscode
GitLab vs GitHub (remote)
Outils web plus complet et ergonomique pour travailler
GitHub (très utilisé dans la communauté R)
GitLab (version CE, très utilisé)
Il y en a plein d’autres…
Note
On va travailler avec GitLab
Git vs Rstudio vs GitLab
Sujet du TP1